Введение в Биоинформатику: Python и Linux.Заседание было ориентировано на аудиторию без опыта программирования, так что в части про Python разобрались с основой синтаксиса языка и попробовали написать свою первую программу…
Read MoreЧто было на заседании:История и применимость глубокого обучения, математический аппарат и ключевые понятия;Построение и обучение модели глубокого обучения: функции ошибки, оптимизаторы и обратное распространение ошибки;Практическая реализация перцептрона на чистом Python…
Read MoreНа заседании мы: ознакомились с методом глубокого обучения; изучили архитектуру перцептрона; написали бинарный нейросетевой классификатор на чистом python.Благодарим всех присутствующих за уделённое время и ждём на следующих заседаниях нашего СНК…
Read MoreПосле ряда заседаний по тематике искусственного интеллекта и программирования перешли к рассмотрению биоинформатических методов В пятницу, на четвёртом заседании СНК, познакомились с одним из основных методов анализа ДНК - выравниванием.Что…
Read MoreНа заседании мы: разобрались с видами и задачами выравнивания; изучили алгоритмы Смита-Ватермана и Нидлмана-Вунша; на практике сделали выравнивание реальных данных из базы NCBI SRA с помощью bwa и открыли результаты…
Read MoreПродолжили тему, рассмотренную на прошлом заседании. После выравнивания прочтений на референс идёт этап поиска нуклеотидных замен и инделов - variant calling.Что было на заседании: Разберём пайплайн для поиска однонуклеотидных полиморфизмов;…
Read MoreВ минувшую пятницу собрались с самыми стойкими, кто не побоялся осеннего дождя, и разобрались с основами поиска мутаций в геноме. Помимо анализа через командную строку, рассмотрели как сделать это в…
Read MoreОдним из популярных методов современной биоинформатики является секвенирование РНК - транскриптома клетки, позволяющего оценить экспрессию генов и оценить функционирование клетки в норме и при патологии. Разберёмся со всем этим в…
Read MoreВ эту среду прошло уже десятое заседание в этом году! Изучили теорию по сборке генома, а также критерии оценки сборки. На практике поработали с SPAdes. Благодарим всех присутствующих за уделённое…
Read MoreВ прошлую среду состоялось заседание с приглашённым спикером - Дмитрием Дмитриевичем Пензаром, ФББ МГУ, AIRI. В ходе его доклада узнали о применении искусственного интеллекта к медицинским задачам, обсудили недостатки и…
Read More